结论先说：备案的中标合同与私下实际履行合同不一致的，结算以中标合同为准
建设工程依法必须招标的项目，招标人和中标人应当按中标通知书、中标合同实质性内容签订书面合同，不得再订立背离中标合同实质性内容的其他协议。结算与回款发生争议时，以备案的中标合同作为价款结算依据，私下降低价款、变更工期的约定不能作为扣减工程款的依据。（参见建设工程价款优先受偿权：行使期限、受偿顺位与应收账款实现路径）
法律依据
- 《中华人民共和国招标投标法》第四十六条：招标人和中标人应当自中标通知书发出之日起三十日内，按照招标文件和中标人的投标文件订立书面合同；招标人和中标人不得再行订立背离合同实质性内容的其他协议。
- 《最高人民法院关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释（一）》第二条：招标人和中标人另行签订的建设工程施工合同约定的实质性内容，与中标合同不一致，一方请求按中标合同确定权利义务的，人民法院应予支持。
- 同解释关于结算依据的规定：当事人签订的建设工程施工合同与招标文件、中标通知书、中标合同实质内容一致的，以中标合同作为结算工程价款的依据。
什么是实质性内容
| 条款 | 属于实质性内容 | 债权人一侧注意 |
|---|---|---|
| 工程价款 | 是 | 私下降价条款无效，按中标价结算 |
| 工期 | 是 | 擅自压缩工期不能成为拒付理由 |
| 质量标准 | 是 | 降低标准不能扣减价款 |
| 项目经理等管理条款 | 一般非实质 | 变更需双方书面确认 |
回款争议中的处理
- 甲方拿私下协议低价结算、拒付差价的，以中标合同与招投标文件主张按约定价款结算，参见工程进度款逾期支付：承包人催告、停窝工与优先受偿衔接。
- 工程量、变更、签证要以中标合同与经确认的签证单为准，私下口头变更难被采信。
- 审计结论不能当然作为拒付理由，结算仍以合同与证据为准，参见审计结论能不能当拒付理由：工程款结算的效力边界。
- 中途终止的，已完工程按中标合同口径折价补偿，参见工程合同中途终止的已完工作结算：折价补偿与欠款主张。
举证清单
- 中标通知书、中标合同、招投标文件，证明中标价款与实质性内容。
- 备案合同与实际履行合同文本，证明二者不一致及背离点。
- 工程量签证、进度款申请、监理确认，证明实际履行与应付数额。
- 对账单与催款函，证明逾期与催告，参见国企应收账款对账与函证管理：总分核对与差异处理。
债权人操作清单
- 签约阶段坚持按中标合同签书面合同，不签背离实质内容的补充协议。
- 履约中把变更、签证、进度确认做成书面并双方签字，避免口说无凭。
- 结算争议先发书面催告并附中标合同依据，必要时申请造价鉴定。
- 注意优先受偿权行使期限，逾期主张会丧失优先，参见诉前财产保全在应收账款依法主张中的运用：适用条件、担保与期限衔接。
- 进入诉讼的，请求以中标合同作为结算依据，把背离实质内容的协议排除在扣减之外。
常见问题
问题一：甲方用私下的补充协议压低结算价，有效吗？ 依法必须招标的项目，背离中标合同实质性内容的补充协议不能作为结算依据；你方有权请求按中标合同确定价款，压价条款不被支持。
问题二：中标合同本身价款低，实际履行按高的算，回款按哪个？ 结算以中标合同为准，但实际履行中经确认的增加工程量、合法签证可另行计入；未订入中标合同又无书面确认的，举证要扎实。
问题三：非必须招标的工程项目也适用吗？ 非必须招标项目不当然适用招投标法第四十六条的强制力，但当事人自愿招标并中标的，仍可按中标合同结算；未招标的以双方实际履行且合法的合同为准。
问题四：审计一直不出，甲方以此拖着不付怎么办？ 审计结论不是当然的拒付理由，结算依据仍是合同与证据；甲方不能以审计未完成无限期拖延付款，可依法主张按约定节点付款。
参考：《中华人民共和国招标投标法》第四十六条、《最高人民法院关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释（一）》见 flk.npc.gov.cn。