结论先说：合同约定优先，没约定就不当然以审计结论拒付
审计结论是审计机关对建设单位财政收支、项目预算执行情况的行政监督结论，它不是施工单位与建设单位之间民事结算的唯一依据。合同明确约定"以审计结果作为结算依据"的，按约定处理；合同没有约定、约定不明，或者审计长期不出结论的，发包人以"审计还没出、等审计"为由拒付工程款的，供应商可以依合同、竣工结算资料与已完工程事实主张付款。（参见国企应收账款对账与函证管理：总分核对与差异处理）
审计结论的法律性质
- 审计关系与民事结算关系是两套关系：审计机关审的是建设单位（机关、事业单位、国企、央企）的预算执行与资金使用的合规性，施工合同项是平等主体之间的等价有偿关系。
- 《中华人民共和国审计法》赋予审计机关要求提供资料、出具审计结论的权力，但审计结论不直接替代双方对工程量、单价、价款调整达成的合意。
- 建设单位如果在招标文件或合同中写明"结算以审计结论为准"，该条款属于当事人自治，法院一般尊重，但要审查条款是否把"以审计作为付款前提"写成了无条件、无期限的屏障。
- 《政府投资条例》（国务院令第七百一十二条）要求政府投资项目按预算执行，不得挤占挪用，也不得由施工单位垫资建设，但不能据此否定施工单位的结算请求权。
合同约定了"以审计结论结算"，还能不能主张
- 有明确约定且审计结论已经作出的：按审计结论确定的金额结算，但对审计结论的工程量计算、单价套用、变更签证漏项有异议的，可申请司法鉴定或补充举证，不因审计结论存在即全盘接受。
- 审计结论明显失实、与已签证的变更和验收资料不一致的：以书面异议、重新核对、鉴定结论纠正，属于"有证据证明不真实"的情形。
- 长期久审不决、审计周期远超合同合理预期的：不能让一方以行政程序无限期阻断付款义务，结合合同关于逾期付款责任、逾期付款利息与资金占用损失：LPR、违约金与利率条款的依法主张的约定主张资金占用损失。
- 机关、事业单位、大型企业向中小企业采购工程、货物、服务的，还要受《保障中小企业款项支付条例》关于付款期限上限的约束，不能以内部审计流程未走完为由长期挂账。（条款以国务院令文本为准，见 www.gov.cn）
供应商一方怎么做更稳妥
- 签约时就写清审计与结算的关系：谁委托审计、多久出结论、超期如何处理、审计不减量是否视为认可。
- 施工中把变更、签证、隐蔽工程验收、材料认价全部书面化，审计怎么审都不影响已固定的事实。
- 竣工后按合同提交完整结算资料并取得收文回执，证明己方已履行结算报审义务。
- 合同有"逾期不答复视为认可竣工结算文件"约定的，直接依据该条主张，具体适用条件参见建设工程价款优先受偿权：行使期限、受偿顺位与应收账款实现路径。
- 审计期间同步保持书面催告，既固定时效中断证据，也为后续主张逾期利息留底。
- 涉及诉前控制的，可参考诉前财产保全在应收账款依法主张中的运用：适用条件、担保与期限衔接。
常见问题
问题一：合同写了"以审计结论为准"，审计压着不出，款是不是就不用付？ 不是。审计久拖不决不能成为无限期拒付的正当理由，供应商可先依合同结算资料主张，同时保留逾期付款利息与资金占用损失的请求；确有争议数额的，可就无争议部分先行主张。
问题二：审计把结算价核减了一半，核减的地方合理吗？ 要看核减依据。与已签证的工程变更、隐蔽验收、材料认价相冲突的核减，属于可异议的不实结论，可申请重新核对或司法鉴定，不能只凭一张审计单认定。
问题三：政府投资项目，审计未定案能不能先结算？ 可以推进按合同已有约定与已完工程事实结算。政府投资项目管理规范与施工合同的付款义务并行不悖，垫资建设被《政府投资条例》禁止，施工单位更不应被审计程序拖成坏账。
问题四：审计结论出来后，对方还拖着不付尾款怎么办？ 立即以书面方式确认尾款金额与应付日，发催告函并留送达凭证；逾期利息、违约责任、优先受偿权的行权时限同步起算，必要时走支付令、诉讼或财产保全通道。
参考：《中华人民共和国审计法》《政府投资条例》全文见 www.gov.cn。